r语言做go注释 r语言getoption

GO文件中的注释信息是如何得到的

这部分文件主要是关于GO词条的具体功能信息，以及相关的支撑信息，以GAF或GPAD格式储存。目前对基因的注释主要有两种手段：人工注释和机器注释。

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如何注释某个基因的GO，KEGG功能基因注释主要基于蛋白序列比对。将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。

对于以上19个物种，只需要安装对应的org包，clusterProfile就会自动从中获取GO注释信息，我们只需要差异基因的列表就可以了，使用起来非常方便。

由于基因芯片具有高通量和高信息量的特性，因此其探针注释系统是构建基因芯片技术平台的一个关键步骤。

一图解决疑问。功能路径是 settingsFile and code TemplatesGo File 。其他文件也一样。功能路径是 settingsLive Templates 。使用方法是在编辑窗口中敲击 lgh （可改），等待提示后按 tab 键即可。

1、GO富集分析原理：有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程，注释完之后（模式生物都有现成的注释包，不用我们自己注释），计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。

2、例如，讨论这些差异基因主要映射到哪些GO或KEGG分类条目中，以说明基因表达的改变会导致哪些调控途径原有功能失调，进而与表型联系起来。通常称这种分析为GO、KEGG富集分析。

3、KEGG指的是京都基因与基因组百科全书，通常我们使用KEGG中的pathway模块，将基因映射到某些通路上，了解基因参与生物体中的代谢过程等。

4、尽管多重检验的校正可以减少假阳性，但并不能从根本上解决GO（或KEGG）富集的问题。GO富集的根本问题在于一个基因对应的GO term有多个，一个term对应多个gene，同时还有层级关系。

如何注释某个基因的GO，KEGG功能基因注释主要基于蛋白序列比对。将基因的序列与各数据库进行比对，得到对应的功能注释信息。

基因组注释包括以下方面的内容：（1）重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库，找出序列中包含的重复序列，识别类型并转化为N或者X，统计各种类型重复序列的分布。（2）编码基因的预测。

首先打开KEGG搜索界面，如下图。Search against输入hsa，PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”，在“Enter objects one per line followed by bgcolor， fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”。

GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表达信息的。这意味着GO分析可以在基因还没有被表达的情况下就可以确定其功能，而KEGG分析则必须等到基因被表达出来之后才能进行分析。

下面给大家介绍一下如何在Windows下对差异基因进行kegg注释。

属性不同 Go（又称 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 开发的一种静态强类型、编译型语言。功能：内存安全，GC（垃圾回收），结构形态及 CSP-style 并发计算。

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