go语言plot包 mapstructure go语言

如何安装Go语言安装包

go语言作为google的一个主推语言,最近很多人都在研究,也花了一点时间对他的安装进行了测试,本人使用Sublime Text 2 + GoSublime + gocode

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顾名思义首先是安装Go,这里有很详细的安装说明, 或者(golang.org自己去找hosts),官方已经支持Windows版本

下载解压配置环境变量

“环境变量”(我的电脑-高级系统设置-环境变量),在系统变量的标签下,依次新建编辑如下几个键值对:

(1). 新建 变量名:GOBIN 变量值 :c:\go\bin

(2). 新建 变量名:GOARCH 变量值:386

(3). 新建 变量名:GOOS 变量值:windows

(4). 新建 变量名: GOROOT 变量值:c:\go

(5). 编辑 Path 在Path的变量值的最后加上 %GOBIN%

1. 下载 Sublime Text 2,地址如下:

2. 解压以后,双击 sublime_text,就可以使用 Sublime Text 2 了。

破解:

用 WinHex 编辑 sublime_text_backup.exe 文件, 跳到 000CBB70 那一行,将该行的 8A C3 修改为 B0 01 然后保存

破解注册成功

3. 安装 Package Control,在打开 Sublime Text 2以后,按下快捷键 Ctrl + `,打开命令窗行(具体在view——show Console),并回车:

import urllib2,os; pf=’Package Control.sublime-package’; ipp=sublime.installed_packages_path(); os.makedirs(ipp) if not os.path.exists(ipp) else None; urllib2.install_opener(urllib2.build_opener(urllib2.ProxyHandler())); open(os.path.join(ipp,pf),’wb’).write(urllib2.urlopen(‘’+pf.replace(‘ ‘,’%20′)).read()); print ‘Please restart Sublime Text to finish installation’

4. 重启Sublime Text 2后,就可以发现在 Preferences菜单下,多出一个菜单项 Package Control。

5.现在安装GoSublime插件了,按住Ctrl+Shilft+p会弹出一个对话框输入install回车弹出一个安装包的对话框

同上输入GoSublime选择GoSublime回车

本机已经安装所以没有出现选项,输入Go build选中回车(这个属于可选)

到此GoSublime安装成功

6.下面安装gocode,

首安装 Git-1.7.11-preview20120710。

打开控制台,输入以下内容:

go get github点抗 /nsf/gocode

go install github点抗 /nsf/gocode

go get github点抗 /DisposaBoy/MarGo

go install github点抗 /DisposaBoy/MarGo

也可以去github下载(要安装google的git版本管理工具)

安装完成后,我们可以在 go/bin 目录下,发现多出了个 gocode 文件。(一定要放在bin目录下)

7. 修改GoSublime配置:在 Preferences菜单下,找到Package Settings,然后找到 GoSublime,再往下找到 Settings – Default。再打开的文件中,添加如下配置,并保存:

"env": {"path":"c:/go/bin;" },

好了,到目前为止,开发环境搭建完成。

下面可以自由编程了。呵呵。

按下快捷键 Ctrl + b 界面下方会出现如下界面:

好了,到现在,开发环境就搭建完毕了。

如下是内容我这边没有使用照样可以使用:

sublime Text 2 编译配置设置方法

tools-build system-new build system 新建一个配置文件 设置为

{

“cmd”: ["go", "run", "$file_name"],

“file_regex”: “^[ ]*File \”(…*?)\”, line ([0-9]*)”,

“working_dir”: “$file_path”,

“selector”: “source.go”

}

然后就可以用ctrl+b 编译了

保存

R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot

气泡图(Bubble Plot)就是由一个个像气泡元素组成的图,和普通的散点图不同,该图可以展示三维甚至四维信息,如下图: 点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height,气泡的大小代表了Age,颜色代表了不同个体。

再举几个例子:

上面用了不同形式展示了GO或其他富集的结果。上图和右下图中,我们用颜色代表GO的类别,用横纵坐标代表p-value和z-score,用大小代表富集的基因Count。左下图我们用颜色代表p-value,用大小代表GeneCount,横坐标代表GeneRatio,纵坐标代表具体的类别。

从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。 随着多组学研究的涌现,我们急需在同一张图表理展现多维的数据,气泡图就是一个不错的选择。

1)需要什么格式的数据

根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。

本次用一个来自于GOplo包的数据EC,该数据为RNA-seq的下游分析数据。

该数据标准化处理后进行统计分析以确定了差异表达基因。 使用DAVID功能注释工具对差异表达基因(调整后的p值0.05)进行基因注释富集分析。

由于本次将使用两个包一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示,还有一个是我们常用的画图包ggplot2, 需要注意的是用于ggplot2的作图数据还要基于circ略作修改,具体见下文。

2)如何作图

GOplot 包提供了直接做气泡图的方法:

略调整参数之后可以对图的布局、颜色等进行调整:

然后,我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图。

首先我们要对数据处理一下,剔除一些不必要的信息:

稍作改变,去除图例添加facet。

往期 R数据可视化 分享

R数据可视化6: 面积图 Area Chart

R数据可视化5: 热图 Heatmap

R数据可视化4: PCA和PCoA图

R数据可视化3: 直方/条形图

R数据可视化2: 箱形图 Boxplot

R数据可视化1: 火山图

[R语言] GO富集分析可视化 GOplot::GOCircle

查看GOplot内示例数据的格式,对自己的数据做处理

观察结论:

观察自己的两个数据表:

table.legend 设置为T时会显示表格

本图中表格和图例是出图后剪切拼合而成,没有用R中的拼图包


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