Linux的hmm命令 Linux dh命令

linux sublime text 3怎么调试c++11标准

关于Sublime text3配置编译环境使其支持C++11,在网上找了很多,却发现大部分材料都对Linux和Windows下的环境配置没有做区分,无独有偶在网上找到了一个老外写的有关配置sublime Text3 的内容,十分详细,而且还可以解决在sublime text下编译运行C++不能输入的问题,感觉比国内某些文章写的好多了,特摘抄下来,方便日后使用:

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# Because, it is lightweight, portable, and runs on Win/Linux/MacOS.

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# You can turn your Sublime-text editor into a FULL featured IDE.

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# Snippet, that is a great idea and that would be great if you learn, how to write snippet and use them.

Linux中查看不到crontab,输入安装命令[root@HMM ~]# yum -y install vixie-cron 后,依旧无crontab

输入crontab试试有没有命令,没有的话安装:

yum install crontabs -y

怎么使用hmmer比对多个query基因

hmmer下载与安装

对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装:

% wget % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz % cd hmmer-3.0 % ./configure % make % make check

windows系统,直接下载二进制压缩包,解压就可以使用。

hmmer包含的程序

phmmer: 与Blastp类似,使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库;

phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

jackhmmer: 与psiBlast类似,蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库;

jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa

hmmbuild: 用多重比对序列构建HMM模型;

hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库;

hmmscan: 使用序列搜索HMM库;

hmmalign: 使用HMM为线索,构建多重比对序列;

hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa

hmmconvert: 转换HMM格式

hmmemit: 从HMM模型中,得到一个模式序列;

hmmfetch: 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型;

hmmpress:格式化HMM数据库,以便于hmmscan搜索使用;

hmmstat: 显示HMM数据库的统计信息;

使用HMM模型搜索序列数据库

使用hmmbuild构建HMM模型,输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件(如:tutorial/globins4.sto),命令如下:

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

globins4.hmm为输出的HMM模型

使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库,蛋白质序列数据库为FASTA格式,命令如下:

hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta globins4.out

globins4.out为输出的结果文件,如下:

*示例使用官方教程中的示例

使用蛋白质序列搜索HMM数据库

构建HMM数据库,HMM数据库是包含多个HMM模型的文件,可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载,也可以自己由多重比对序列集中构建,如:

hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto

hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto

hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto

cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm minifam

使用hmmpress格式化数据库,包括压缩以及创建索引,命令如下:

hmmpress minifam

这个步骤可以很快的执行完成,输出的内容如下:

Working… done.

Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).

Models pressed into binary file: minifam.h3m

SSI index for binary model file: minifam.h3i

Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f

Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p

使用hmmscan搜索HMM数据库,命令如下:

hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME

linux的一个问题

疑惑应该主要在第1点,我的理解是这样的:

第1步的编译,依赖于Vlfeat, Cplex, GSL Cblas(可能用到了里面的文件,假设是a.h),因此直接编译的话是编译不过的,需要你给出这几个文件的路径,

然后编译器才能知道要去哪里找a.h,需要在makefile中加类似如下的信息:

MYINC=-I../../../util/ -I../../include/ -I../../../include/ \ //这里面是Vlfeat, Cplex, GSL Cblas的路径

-I../test/ -I../../util/

而Vlfeat, Cplex, GSL Cblas是什么东西我就不清楚了,因为第1中要求modify,建议你把makefile给出来,有助于大家解答


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