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如何使用R语言利用SSR数据构建进化树

这期内容当中小编将会给大家带来有关如何使用R语言利用SSR数据构建进化树，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

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今天有一位读者留言问有了SSR的数据，如何画树状图？

SSR的数据我也是第一次接触，我看了一下他发给我的数据，是csv格式，每行是一个样本，每列是一个位点。位点的取值是0，和1。这种格式好像叫做二进制的格式。就是下面这种

如何使用R语言利用SSR数据构建进化树  
image.png

第一列是样本名称，后面每一列是一个位点。

我搜索了一下相关教程，找到了一个。需要借助ape这个包，如果是第一次使用的话需要先安装

install.packages("ape")
 

后面进化树可视化还需要用到ggtree，如果是第一次使用也要安装

BiocManager::install("ggtree")
 

BiocManager第一次使用也得先安装

install.packages("BiocManager")
 

找到的教程的链接是 https://www.biostars.org/p/100432/

 首先是读入数据
df<-read.csv("SSR_example.csv",header=T,row.names = 1)
   将数据框转化成矩阵
ssr<-as.matrix(df)
   NJ法构建进化树
library(ape)
tree<-nj(dist.gene(ssr))
   使用ggtree展示进化树
library(ggtree)
ggtree(tree)+
 geom_tiplab()+
 xlim(0,6.5)
 
如何使用R语言利用SSR数据构建进化树  
image.png
 样本太多可以选择环形树展示
ggtree(tree,layout="circular")+
 geom_tiplab2(size=3)
 
如何使用R语言利用SSR数据构建进化树  
image.png
 去掉枝长看起来可能会好看一点
ggtree(tree,layout="circular",branch.length = "none")+
 geom_tiplab2(size=3)
 
如何使用R语言利用SSR数据构建进化树  
image.png
 

遇到的问题

这位读者的数据过多，最后画树状图如果带上样本名字的效果如下

如何使用R语言利用SSR数据构建进化树  
image.png

这个图应该如何美化我还真没有思路。大家如果做过这种图欢迎留言讨论 如何美化会好看一点

我记得好像MEGA也可以利用这种二进制数据构建进化树了，但是一时想不起来如何做了。

上述就是小编为大家分享的如何使用R语言利用SSR数据构建进化树了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道。


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