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如何用gggenes画基因结构图

本篇文章为大家展示了如何用gggenes 画基因结构图，内容简明扼要并且容易理解，绝对能使你眼前一亮，通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。

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gggenes是一款基于ggplot2开发的R包，可以很方便的画出下图所示的基因结构图。
如何用gggenes画基因结构图
1.安装R包
直接从CRAN官方源来安装：  
   
     
   
   
   install.packages("gggenes")

或者从github下载安装：

devtools::install_github("wilkox/gggenes")

2. 准备输入数据

官方给的例子如下：

> head(example_genes)  molecule gene  start    end  strand direction1  Genome5 genA 405113 407035 forward         12  Genome5 genB 407035 407916 forward         13  Genome5 genC 407927 408394 forward         14  Genome5 genD 408387 408737 reverse        -15  Genome5 genE 408751 409830 forward         16  Genome5 genF 409836 410315 forward         1

输入数据应该包含6列，分别代表：

物种名    基因名    起始位置    结束位置    基因方向    基因方向

如果不需要考虑画出基因方向的话，只需要前4列数据就行：物种名，基因名，起始位置，结束位置

如果加上基因方向，就需要加上 strand 这一列，正负链分用“forward”和“reverse”表示。示例数据中的 direction 这一列是多余的，并不会被用到。


2. 作图

library(ggplot2)library(gggenes)
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,   y = molecule, fill = gene)) +  geom_gene_arrow() +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  scale_fill_brewer(palette = "Set3") +  theme_genes()

图如下：

如何用gggenes画基因结构图

可以看出来，使用的是我们熟悉的ggplot2语法，再加上  geom_gene_arrow()  函数来实现了基因结构的作图。

下面的我们加上方向，也加上基因名称，代码如下：

ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end,     y = molecule, fill = gene, label = gene, forward = direction)) +    geom_gene_arrow() +    facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +    scale_fill_brewer(palette = "Set3") +    theme_genes() +    geom_gene_label(align = "left")

如何用gggenes画基因结构图

 label = gene, forward = direction  指定了基因名和基因方向

 geom_gene_label(align = "left")  在图上添加了基因名并靠左对齐

3. 其他用法

如何用gggenes画基因结构图

gggenes也可以如上图所示展现基因结构域特征或者比对信息，可以使用geom_subgene_arrow() 函数来实现，需要额外用到另一份数据example_subgenes，代码如下：

> head(example_subgenes)  molecule gene  start    end  strand subgene   from     to1  Genome5 genA 405113 407035 forward  genA-1 405774 4065382  Genome5 genB 407035 407916 forward  genB-1 407458 4078973  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-1 407942 4081584  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-2 408186 4082095  Genome5 genC 407927 408394 forward  genC-3 408233 408257
ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule)) +  facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) +  geom_gene_arrow(fill = "white") +  geom_subgene_arrow(data = example_subgenes,    aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene,        xsubmin = from, xsubmax = to), color="black", alpha=.7) +  theme_genes()

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