如何使用percona-toolkit工具检查及修复MySQL数据库的主从不一致

下文主要给大家带来如何使用percona-toolkit工具检查及修复MySQL数据库的主从不一致，希望这些内容能够带给大家实际用处，这也是我如何使用percona-toolkit工具检查及修复MySQL数据库的主从不一致编辑这篇文章的主要目的。好了，废话不多说，大家直接看下文吧。

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pt-table-checksum是Percona-Toolkit的组件之一，用于检测MySQL主、从库的数据是否一致。其原理是在主库执行基于statement的sql语句来生成主库数据块的checksum，把相同的sql语句传递到从库执行，并在从库上计算相同数据块的checksum，最后，比较主从库上相同数据块的checksum值，由此判断主从数据是否一致。检测过程根据唯一索引将表按row切分为块（chunk），以为单位计算，可以避免锁表。检测时会自动判断复制延迟、 master的负载，超过阀值后会自动将检测暂停，减小对线上服务的影响。

pt-table-checksum默认情况下可以应对绝大部分场景，官方说，即使上千个库、上万亿的行，它依然可以很好的工作，这源自于设计很简单，一次检查一个表，不需要太多的内存和多余的操作；必要时，pt-table-checksum 会根据云服务器负载动态改变chunk大小，减少从库的延迟。

为了减少对数据库的干预，pt-table-checksum还会自动侦测并连接到从库，当然如果失败，可以指定--recursion-method选项来告诉从库在哪里。它的易用性还体现在，复制若有延迟，在从库checksum会暂停直到赶上主库的计算时间点（也通过选项--设定一个可容忍的延迟最大值，超过这个值也认为不一致）。

为了保证主数据库服务的安全，该工具实现了许多保护措施：
- 自动设置 innodb_lock_wait_timeout 为1s，避免引起
- 默认当数据库有25个以上的并发查询时，pt-table-checksum会暂停。可以设置 --max-load 选项来设置这个阀值
- 当用 Ctrl+C 停止任务后，工具会正常的完成当前 chunk 检测，下次使用 --resume 选项启动可以恢复继续下一个 chunk

2、工作过程

1、连接到主库：pt工具连接到主库，然后自动发现主库的所有从库。默认采用show full processlist来查找从库，但是这只有在主从实例端口相同的情况下才有效。
3、查找主库或者从库是否有复制过滤规则：这是为了安全而默认检查的选项。你可以关闭这个检查，但是这可能导致checksum的sql语句要么不会同步到从库，要么到了从库发现从库没有要被checksum的表，这都会导致从库同步卡库。
5、开始获取表，一个个的计算。
6、如果是表的第一个chunk，那么chunk-size一般为1000；如果不是表的第一个chunk，那么采用19步中分析出的结果。
7、检查表结构，进行数据类型转换等，生成checksum的sql语句。
8、根据表上的索引和数据的分布，选择最合适的split表的方法。
9、开始checksum表。
10、默认在chunk一个表之前，先删除上次这个表相关的计算结果。除非–resume。
14、根据explain的结果，判断chunk的size是否超过了你定义的chunk-size的上限。如果超过了，为了不影响线上性能，这个chunk将被忽略。
15、把要checksum的行加上for update锁，并计算。
17-18、把计算结果存储到master_crc master_count列中。
19、调整下一个chunk的大小。
20、等待从库追上主库。如果没有延迟备份的从库在运行，最好检查所有的从库，如果发现延迟最大的从库延迟超过max-lag秒，pt工具在这里将暂停。
21、如果发现主库的max-load超过某个阈值，pt工具在这里将暂停。
22、继续下一个chunk，直到这个table被chunk完毕。
23-24、等待从库执行完checksum，便于生成汇总的统计结果。每个表汇总并统计一次。
25-26、循环每个表，直到结束。
校验结束后，在每个从库上，执行如下的sql语句即可看到是否有主从不一致发生：
```
select * from percona.checksums where master_cnt <> this_cnt OR master_crc <> this_crc OR 
ISNULL(master_crc) <> ISNULL(this_crc) \G
```

3、环境

IP	Port	主机名	作用
192.168.1.101	3306	node1	master
192.168.1.102	3306	node2	slave

注意事项：
- 为了减少不必要的麻烦，确保你的 ptuser@'xxx' 用户能同时登陆主库和从库；
- 只能指定一个host，必须为主库的IP；
- 在检查时会向表加S锁；
- 如果master和slave的binlog日志不是STATEMENT格式，要用--no-check-binlog-format选项
- 运行之前需要从库的同步IO和SQL进程是YES状态。
- 表要有主键索引或唯一键索引

4、下载

打开官网：https://www.percona.com/downloads/percona-toolkit/LATEST/
选择软件版本：Version，一般默认最新版即可；
选择系统版本：Software，也可以源码编译；我的CentOS6
系统架构：Hardware；我的64位；

我的下载为：
https://www.percona.com/downloads/percona-toolkit/3.0.13/binary/redhat/6/x86_64/percona-toolkit-debuginfo-3.0.13-1.el6.x86_64.rpm
https://www.percona.com/downloads/percona-toolkit/3.0.13/binary/redhat/6/x86_64/percona-toolkit-3.0.13-1.el6.x86_64.rpm

5、安装

yum install percona-toolkit-3.0.13-1.el6.x86_64.rpm -y
yum install percona-toolkit-debuginfo-3.0.13-1.el6.x86_64.rpm -y

CentOS6.*依赖：

perl-DBD-MySQL
perl-DBI
perl-IO-Socket-SSL
perl-Net-LibIDN
perl-Net-SSLeay
perl-Time-HiRes

CentOS7.*依赖：

perl-Compress-Raw-Bzip2
perl-Compress-Raw-Zlib
perl-DBD-MySQL
perl-DBI
perl-Digest
perl-Digest-MD5
perl-IO-Compress
perl-IO-Socket-IP
perl-IO-Socket-SSL
perl-Mozilla-CA
perl-Net-Daemon
perl-Net-LibIDN
perl-Net-SSLeay
perl-PlRPC

查看安装的文件：

[root@node1 ~]# rpm -ql percona-toolkit
/usr/bin/pt-align
/usr/bin/pt-archiver
/usr/bin/pt-config-diff
/usr/bin/pt-deadlock-logger
/usr/bin/pt-diskstats
/usr/bin/pt-duplicate-key-checker
/usr/bin/pt-fifo-split
/usr/bin/pt-find
/usr/bin/pt-fingerprint
/usr/bin/pt-fk-error-logger
/usr/bin/pt-heartbeat
/usr/bin/pt-index-usage
/usr/bin/pt-ioprofile
/usr/bin/pt-kill
/usr/bin/pt-mext
/usr/bin/pt-MongoDB-query-digest
/usr/bin/pt-mongodb-summary
/usr/bin/pt-mysql-summary
/usr/bin/pt-online-schema-change
/usr/bin/pt-pmp
/usr/bin/pt-query-digest
/usr/bin/pt-secure-collect
/usr/bin/pt-show-grants
/usr/bin/pt-sift
/usr/bin/pt-slave-delay
/usr/bin/pt-slave-find
/usr/bin/pt-slave-restart
/usr/bin/pt-stalk
/usr/bin/pt-summary
/usr/bin/pt-table-checksum     # 校验数据一致性；
/usr/bin/pt-table-sync         # 修复不一致数据；
/usr/bin/pt-table-usage
/usr/bin/pt-upgrade
/usr/bin/pt-variable-advisor
/usr/bin/pt-visual-explain
... ...
[root@node1 ~]#

6、创建演示数据

6.1、主库master:

root@node1 10:56:  [(none)]> create database pt_check;
Query OK, 1 row affected (0.04 sec)

root@node1 10:57:  [(none)]> use pt_check
Database changed
root@node1 10:58:  [pt_check]> create table test1(id int auto_increment primary key,name varchar(20) not null);
Query OK, 0 rows affected (0.86 sec)

root@node1 11:03:  [pt_check]> insert into test1 values(null,'will');
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)

root@node1 11:03:  [pt_check]> insert into test1 values(null,'jim');
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)

root@node1 11:03:  [pt_check]> insert into test1 values(null,'tom');
Query OK, 1 row affected (0.05 sec)

root@node1 11:03:  [pt_check]> select * from pt_check.test1;
+----+------+
| id | name |
+----+------+
|  1 | will |
|  2 | jim  |
|  3 | tom  |
+----+------+
3 rows in set (0.00 sec)

root@node1 11:04:  [pt_check]>

6.2、从库slave：

root@node1 11:03:  [pt_check]> select * from pt_check.test1;
+----+------+
| id | name |
+----+------+
|  1 | will |
|  2 | jim  |
|  3 | tom  |
+----+------+
3 rows in set (0.00 sec)

root@node1 11:04:  [pt_check]> delete from pt_check.test1 where id='2';
Query OK, 1 row affected (0.02 sec)

root@node2 12:23:  [(none)]> select * from pt_check.test1;
+----+------+
| id | name |
+----+------+
|  1 | will |
|  3 | tom  |
+----+------+
2 rows in set (0.00 sec)

root@node2 12:23:  [(none)]>

6.3、创建校验用户

master

root@node1 12:28:  [pt_check]> GRANT CREATE,INSERT,SELECT,DELETE,UPDATE,LOCK TABLES,PROCESS,SUPER,REPLICATION SLAVE ON *.* TO 'ptuser'@'192.168.1.101' IDENTIFIED BY '123456';
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

root@node1 12:29:  [pt_check]>  flush privileges;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

root@node1 12:29:  [pt_check]> select Host,User  from mysql.user;
+----------------+---------------+
| Host           | User          |
+----------------+---------------+
| localhost      | root          |
| localhost      | mysql.session |
| localhost      | mysql.sys     |
| 172.16.156.%   | rep           |
| %              | java          |
| 192.168.1.101 | ptuser        |
+----------------+---------------+
9 rows in set (0.00 sec)

root@node1 12:29:  [pt_check]>

slave

root@node2 12:48:  [(none)]> select Host,User  from mysql.user;
+----------------+---------------+
| Host           | User          |
+----------------+---------------+
| localhost      | root          |
| localhost      | mysql.session |
| localhost      | mysql.sys     |
| 172.16.156.%   | rep           |
| %              | java          |
| 192.168.1.101 | ptuser        |
+----------------+---------------+
8 rows in set (0.00 sec)

root@node2 12:48:  [(none)]>

权限解释：
- select //查看所有库的表,原理可加 explain选项查看
- process //自动发现从库信息，show processlist
- super //set binlog_format='statement'
- replication slave //show slave hosts

7、pt-table-checksum校验

7.1、pt-table-checksum参数解释

--replicate-check：执行完 checksum 查询在percona.checksums表中，不一定马上查看结果呀 —— yes则马上比较chunk的crc32值并输出DIFFS列，否则不输出。默认yes，如果指定为--noreplicate-check，一般后续使用下面的--replicate-check-only去输出DIFF结果。
--nocheck-replication-filters ：不检查复制过滤器，建议启用。后面可以用--databases来指定需要检查的数据库。
--no-check-binlog-format : 不检测日志格式。这个选项对于 ROW 模式的复制很重要，因为pt-table-checksum会在 Master和Slave 上设置binlog_format=STATEMENT（确保从库也会执行 checksum SQL），MySQL限制从库是无法设置的，所以假如行复制从库，再作为主库复制出新从库时（A->B->C），B的checksums数据将无法传输。（没验证）
--replicate-check-only :不在主从库做 checksum 查询，只在原有 percona.checksums 表中查询结果，并输出数据不一致的信息。周期性的检测一致性时可能用到。
--replicate= ：把checksum的信息写入到指定表中，如果没有指定，默认是 percona.checksums ;建议直接写到被检查的数据库当中。
--databases=,-d ：要检查的数据库，逗号分隔;--databases-regex 正则匹配要检测的数据库，--ignore-databases[-regex]忽略检查的库。Filter选项。
--tables=，-t
：要检查的表，逗号分隔。如果要检查的表分布在不同的db中，可以用--tables=dbname1.table1,dbnamd2.table2的形式。同理有--tables-regex，--ignore-tables，--ignore-tables-regex。--replicate指定的checksum表始终会被过滤。
--tables= ：指定需要被检查的表，多个用逗号隔开
h=192.168.1.101 ：Master的地址
u=ptuser ：用户名
p=123456 ：密码
P=3306 ：端口
--create-replicate-table 选项会自动创建 percona.checksums 表，但也意味着赋予额外的 CREATE TABLE权限给 percona_tk@'xxx' 用户。默认yes
--no-check-replication-filters 表示不需要检查 Master 配置里是否指定了 Filter。默认会检查，如果配置了 Filter，如 replicate_do_db,replicate-wild-ignore-table,binlog_ignore_db 等，在从库checksum就与遇到表不存在而报错退出，所以官方默认是yes（--check-replication-filters）但我们实际在检测中时指定--databases=，所以就不存在这个问题，干脆不检测；
--empty-replicate-table：每个表checksum开始前，清空它之前的检测数据（不影响其它表的checksum数据），默认yes。当然如果使用--resume启动检测数据不会清空。当启用--noempty-replicate-table即不清空时，不计算计算chunk,只计算。
--recursion-method：发现从库的方式。pt-table-checksum 默认可以在主库的 processlist 中找到从库复制进程，从而识别出有哪些从库，但如果使用是非标准3306端口，会导致找不到从库信息。此时就会自动采用host方式，但需要提前在从库 my.cnf 里面配置report_host、report_port信息，如：
```
report_host = MASTER_HOST
report_port = 13306
```
最终极的办法是dsn，dsn指定的是某个表（如 percona.dsns ），表行记录是改主库的（多个）从库的连接信息。适用以下任一情形：
主库不能自动发现从库
不想在从库添加额外配置（因为要重启）
主从检测连接用户信息不一样
多个从库时只想验证指定从库的一致

我比较倾向使用DSN的方式。这个dsns表只需要在执行 pt-table-checksum 命令的云服务器上能够访问到就行。这里纠正一个认识，网上很多人说 pt-table-checksum 要在主库上执行，其实不是的，我的mysql实例比较多，只需在某一台云服务器上安装percona-toolkit，这台服务能够同时访问主库和从库就行了。具体用法见后面实例。

7.2、在主库上执行数据检查命令

[root@node1 ~]# pt-table-checksum --nocheck-replication-filters --replicate=test.checksums --databases=pt_check --tables=test1 h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306
Checking if all tables can be checksummed ...
Starting checksum ...
Replica node2 has binlog_format ROW which could cause pt-table-checksum to break replication.  Please read "Replicas using row-based replication" in the LIMITATIONS section of the tool's documentation.  If you understand the risks, specify --no-check-binlog-format to disable this check.
[root@node1 ~]#

从库node2的bbinlog日志为ROW，这可能导致pt-table-checksum中断复制。可以指定--no-check-binlog-format以禁用此检查。

[root@node1 ~]# pt-table-checksum --nocheck-replication-filters --replicate=test.checksums --databases=pt_check --tables=test1 h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306 --no-check-binlog-format
Checking if all tables can be checksummed ...
Starting checksum ...
            TS ERRORS  DIFFS     ROWS  DIFF_ROWS  CHUNKS SKIPPED    TIME TABLE
02-19T18:23:22      0      1        3          0       1       0   0.045 pt_check.test1
[root@node1 ~]#

表示说明：

TS ：完成检查的时间。
ERRORS ：检查时候发生错误和警告的数量。
DIFFS ：不一致的chunk数量。当指定 --no-replicate-check 即检查完但不立即输出结果时，会一直为0；当指定 --replicate-check-only 即不检查只从checksums表中计算crc32，且只显示不一致的信息（毕竟输出的大部分应该是一致的，容易造成干扰）。
ROWS ：比对的表行数。
CHUNKS ：被划分到表中的块的数目。
SKIPPED：由于错误或警告或过大，则跳过块的数目。
TIME ：执行的时间。
TABLE ：被检查的表名。

看到已经检查出主从数据有不一致了，DIFFS下的值为1，怎么不一致呢？通过指定--replicate=test.checksums 参数，就说明把检查信息都写到了checksums表中

7.3、master的test.checksums表：

root@node1 09:19:  [(none)]> select * from test.checksums \G
*************************** 1. row ***************************
            db: pt_check
           tbl: test1
         chunk: 1
    chunk_time: 0.005212
   chunk_index: NULL
lower_boundary: NULL
upper_boundary: NULL
      this_crc: b9a54161
      this_cnt: 3                   # 本机 3行数据
    master_crc: b9a54161
    master_cnt: 3                   # master 3行数据
            ts: 2019-02-20 09:18:01
1 row in set (0.00 sec)

root@node1 09:19:  [(none)]>

7.4、slave的test.checksums表：

root@node2 09:20:  [(none)]> select * from test.checksums \G
*************************** 1. row ***************************
            db: pt_check
           tbl: test1
         chunk: 1
    chunk_time: 0.005212
   chunk_index: NULL
lower_boundary: NULL
upper_boundary: NULL
      this_crc: d49ddeb7
      this_cnt: 2                   # 本机 2行数据
    master_crc: b9a54161
    master_cnt: 3                   # master 3行数据
            ts: 2019-02-20 09:18:01
1 row in set (0.01 sec)

root@node2 09:20:  [(none)]>

8、pt-table-sync修复

8.1、打印数据的不同之处

master库用pt-table-sync命令和--print选项打印出master下的check_sum.test1和slave库的check_sum.test1的不一致的数据，如下：

[root@node1 ~]# pt-table-sync --replicate=test.checksums h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306 h=192.168.1.102,u=ptuser,p=123456,P=3306 --print
REPLACE INTO `pt_check`.`test1`(`id`, `name`) VALUES ('2', 'jim') /*percona-toolkit src_db:pt_check src_tbl:test1 src_dsn:P=3306,h=192.168.1.101,p=...,u=ptuser dst_db:pt_check dst_tbl:test1dst_dsn:P=3306,h=node2,p=...,u=ptuser lock:1 transaction:1 changing_src:test.checksums replicate:test.checksums bidirectional:0 pid:20377 user:root host:node1*/;
[root@node1 ~]#

pt-table-sync参数说明：

--replicate=    ：指定通过pt-table-checksum得到的表.
--databases=    : 指定执行同步的数据库，多个用逗号隔开。
--tables=       ：指定执行同步的表，多个用逗号隔开。
--sync-to-master ：指定一个DSN，即从的IP，他会通过show processlist或show slave status 去自动的找主。
h=127.0.0.1     ：云服务器地址，命令里有2个ip，第一次出现的是Master的地址，第2次是Slave的地址。
u=root          ：帐号。
p=123456        ：密码。
--print         ：打印，但不执行命令。
--execute       ：执行命令。

8.2、pt-table-sync修复不同数据

接下的操作就是把slave上少的数据，从master同步过去(master操作)；通过(--execute)，让它们数据保持一致性:

[root@node1 ~]# pt-table-sync --replicate=test.checksums h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306 h=192.168.1.102,u=ptuser,p=123456,P=3306 --execute

9、验证

9.1、使用pt-table-checksum重新校验：

[root@node1 ~]# pt-table-checksum --nocheck-replication-filters --replicate=test.checksums --databases=pt_check --tables=test1 h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306 --no-check-binlog-format
Checking if all tables can be checksummed ...
Starting checksum ...
            TS ERRORS  DIFFS     ROWS  DIFF_ROWS  CHUNKS SKIPPED    TIME TABLE
02-20T10:03:02      0      0        3          0       1       0   0.083 pt_check.test1
[root@node1 ~]#

可以看到再次检查的时候，DIFFS已经是0了；

9.2、主库master:

root@node1 10:05:  [(none)]> select * from pt_check.test1;
+----+------+
| id | name |
+----+------+
|  1 | will |
|  2 | jim  |
|  3 | tom  |
+----+------+
3 rows in set (0.00 sec)

root@node1 10:05:  [(none)]>

9.3、从库slave：

root@node2 10:02:  [(none)]> select * from pt_check.test1;
+----+------+
| id | name |
+----+------+
|  1 | will |
|  2 | jim  |
|  3 | tom  |
+----+------+
3 rows in set (0.00 sec)

root@node2 10:05:  [(none)]>

已经跟master上的数据一致了。

10、报错

10.1、用户权限问题

没有创建CREATE表的权限；

[root@node1 ~]# pt-table-checksum --nocheck-replication-filters --replicate=test.checksums --databases=pt_check --tables=test1 h=192.168.1.101,u=ptuser,p=123456,P=3306 --no-check-binlog-format
Checking if all tables can be checksummed ...
Starting checksum ...
02-19T18:08:22 --create-replicate-table failed: DBD::mysql::db do failed: CREATE command denied to user 'ptuser'@'node1' for table 'checksums' [for Statement "  CREATE TABLE IF NOT EXISTS `test`.`checksums` (
     db             CHAR(64)     NOT NULL,
     tbl            CHAR(64)     NOT NULL,
     chunk          INT          NOT NULL,
     chunk_time     FLOAT            NULL,
     chunk_index    VARCHAR(200)     NULL,
     lower_boundary TEXT             NULL,
     upper_boundary TEXT             NULL,
     this_crc       CHAR(40)     NOT NULL,
     this_cnt       INT          NOT NULL,
     master_crc     CHAR(40)         NULL,
     master_cnt     INT              NULL,
     ts             TIMESTAMP    NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
     PRIMARY KEY (db, tbl, chunk),
     INDEX ts_db_tbl (ts, db, tbl)
  ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8"] at /usr/bin/pt-table-checksum line 12272.
02-19T18:08:22 --replicate table checksums does not exist and it cannot be created automatically.  You need to create the table.
[root@node1 ~]#

10.2、Diffs cannot be detected because no slaves were found

不能自动找到从库，确认processlist或host或dsns方式用对了。

10.3、Cannot connect to h=slave1.*.com,p=...,u=percona_user

可以在pt-table-checksum命令前加PTDEBUG=1来看详细的执行过程，如端口、用户名、权限错误。

10.4、Waiting for the --replicate table to replicate to XXX

问题出在 percona.checksums 表在从库不存在，根本原因是没有从主库同步过来，所以看一下从库是否延迟严重。

10.5、Pausing because Threads_running=25

反复打印出类似上面停止检查的信息。这是因为当前数据库正在运行的线程数大于默认25，pt-table-checksum 为了减少对库的压力暂停检查了。等数据库压力过了就好了，或者也可以直接 Ctrl+C 终端，下一次加上--resume继续执行，或者加大--max-load=值。

10.6、字符集问题

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如何使用percona-toolkit工具检查及修复MySQL数据库的主从不一致

2、工作过程

3、环境

4、下载

5、安装

6、创建演示数据

6.1、主库master:

6.2、从库slave：

6.3、创建校验用户

7、pt-table-checksum校验

7.1、pt-table-checksum参数解释

7.2、在主库上执行数据检查命令

表示说明：

7.3、master的test.checksums表：

7.4、slave的test.checksums表：

8、pt-table-sync修复

8.1、打印数据的不同之处

8.2、pt-table-sync修复不同数据

9、验证

9.1、使用pt-table-checksum重新校验：

9.2、主库master:

9.3、从库slave：

10、报错

10.1、用户权限问题

10.2、Diffs cannot be detected because no slaves were found

10.3、Cannot connect to h=slave1.*.com,p=...,u=percona_user

10.4、Waiting for the --replicate table to replicate to XXX

10.5、Pausing because Threads_running=25

10.6、字符集问题

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