Linux文本操作常用命令

在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：

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通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）

接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：

参数的用法介绍：

注意事项：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看

结合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比较少

3.1 less命令

less [参数] 文件名

less命令重要的补充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键

less命令重要的补充用法2 ：

参数用法：

less命令 不加参数 查看文件：

less命令加 -N参数 查看文件：显示行号

less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整

对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好

查看压缩文件

wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。

常见参数:

切记：用less命令，按q退出

cut命令是按关键词来切的

常见参数:

排列前：

排列后：

解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。

uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

换其它文件试试

总之，uniq命令使用时经常和sort一起

常见参数:

常见用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常见用法2 : paste - -

常见参数:

要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容

3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列

4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计

5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符

补充小知识 ：

清屏 ：control L

查看历史（输入过的）命令 ：history

Linux第二章-Linux常用命令

当我们关机或者重启时，都应该先执行以下 sync 指令，把内存的数据写入磁盘，防止数据丢失。

命令： cd [相对路径或绝对路径]

命令： ls [-al]

命令： mkdir [-p] 目录

-p 父目录不存在情况下先生成父目录

命令： rm [-rf] 目录

-r 递归 -f 强制

两个一起用你可以删掉世界（很暴力很血腥，危险的命令）

命令： echo [选项] [输出内容]

命令： head 文件

tail ：指定行数或者动态查看

命令： touch 文件名

命令： rm -rf 文件名

vi是linux中最经典的文本编辑器，vi一共有3种工作模式，分别是正常模式，编辑模式(插入模式)，命令行模式：

- 命令： vi 文件名 或 vim 文件名 都可进入vi编译器进行文件的编译

---首先输入 vi 文件名 进入的是正常模式

---正常模式--编辑模式：按 i o a 任意一个键

---正常模式--命令行模式：按 :

---编辑模式--命令行模式：按 Esc

vi编译器快捷键的使用

1.拷贝当前行 yy,拷贝当前行向下的5行 5yy,并粘贴 p;

2.删除当前行 dd,删除当前行向下的5行 5dd;

3.在文件中查找某个单词（命令行模式下）/关键字 ，回车进行查找，输入 n 查找下一个

4.设置文件的行号，取消文件的行号（命令行模式下） :set nu 和 :set nonu

5.编辑 /etc/profile 文件，使用快捷键到底文档的最末行[G]和最首行[gg],注意这些都是在正常模 式下执行的。

6.在一个文件中输入 "hello" ,然后又撤销这个动作，再正常模式下输入 u

文件的查看命令： cat more less tail

cat ：由第一行开始显示文件内容

more ：百分比显示

less ：翻页查看

tail ：指定行数或者动态查看

命令： chmod -R 权限设置 需要更改权限的文件夹名

grep ：查找字符串

grep命令通常要和管道命令进行连用：

Linux压缩包的两种后缀格式：

- xxx.tar 打包，大小不会进行压缩

- xxx.tar.gz 打包并压缩文件大小

命令： tar

命令： du -h /目录

命令： ifconfig

命令： netstat [-anp]

命令： ping ip地址

命令： ps [-ef]

命令： kill -9 PID号

命令： service 服务名 [start | stop | restart | reload | status]

在 CentOS7.0 后 不再使用 service ,而是下面这个命令

service [start | stop | restart | reload | status] 服务名

命令： top [选项]

命令： rpm -e rpm包的名称

命令： rpm -ivh rpm包全路径名称

[图片上传失败...(image-f71252-1630371708953)]

linux--5、文本文件编辑命令

cat命令用于查看纯文本文件(较短的)：

$ cat [选项] 文件

以下是cat命令常用的3个选项：

(1) $ cat -n 文件

-n 表示显示行号。

(2) $ cat -b 文件

-b 表示显示行号，但是不包括空行。

(3) $ cat -A 文件

-A 表示显示出不可见的符号，如空格、tab键等。

more命令用于查看纯文本文件(较长的)：

$ more [选项] 文件

more命令常用的一个参数是"- 数字"，表示预先显示的行数，默认是一页：

$ more -10 文件

head命令用于查看纯文本文档的前N行：

$ head [选项] 文件

(1) $ head -n 10 文件

这个命令表示显示文件的前10行。

(2) $ head -n -10 文件

这个命令表示正常输出，但是不显示最后的10行。

tail命令用于查看纯文本文档的后N行：

$ tail [选项] [文件]

例如，显示文件/etc/passwd的后10行：

$ tail -n 10 /etc/passwd

wc命令用于统计指定文本的行数、字数、字节数：

$ wc [参数] 文本

(1) $ wc -l 文本

-l 参数表示只显示行数。

(2) $ wc -w 文本

-w 参数表示只显示单词数。

(3) $ wc -c 文本

-c 参数表示只显示字节数。

linux中编辑文件命令

Linux自带有两个文本编辑器：vi和nano。

使用nano编辑文件：

nano 文件名

点击Ctrl-X可以退出编辑，选择是否保存对文件的改动。

使用vi编辑文件：

vi 文件名

vi有两个模式：一个是编辑模式一个是命令模式。点击i可以从命令模式进入编辑模式，在点击esc键可以重新进入命令模式。我们一般进入编辑模式，来进行添加，修改，删除。但是当我们删除和修改的内容过多的时候，我们使用命令行模式，进行修改，这样方便，快捷，而命令行中，最常用到的是x，dd，u，p这四个命令：x:删除当前字符；dd：删除当前行；u:恢复前一步操作；p:复制之前删除的行。

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