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find_circ中如何识别环状RNA

今天就跟大家聊聊有关find_circ中如何识别环状RNA，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。

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1. 比对参考基因组

官方的pipeline使用的是bowtie2软件，代码如下

bowtie2 -p16  \
--very-sensitive \
--score-min=C,-15,0 \
--mm \
-x hg19 -q  \
-1 R1.fastq.gz -2 R2.fastq.gz \
2> bowtie2.log  \
| samtools view -hbuS - \
| samtools sort - accepted_hits

最终生成了一个排序之后的bam文件，其实这一步选择其他的比对软件，比如hisat也是可以的，只需要产生bam文件就可以了。

2. 提取没比上参考基因组的序列

采用samtools软件提取没比对上的序列，代码如下

samtools view -hf 4 accepted_hits.bam | samtools view -Sb - > unmapped.bam
3.  从序列两端提取锚点序列

代码如下

unmapped2anchors.py unmapped.bam anchor.fq
4. 将锚点序列比对参考基因组
bowtie2 -p 16 \
--reorder  \
--mm \
--score-min=C,-15,0 \
-q -x human_bowtie2_index \
-U anchor.fq  \
-S align.sam
5. 预测circRNA

代码如下

cat align.sam | find_circ.py  -G hg19.fa -p hsa_ > splice_sites.bed

结果如下所示

find_circ中如何识别环状RNA

-p参数指定的是第四列内容的前缀，建议指定为物种对应的三字母缩写，需要注意的是，在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识，线性RNA的名称用norm标识。

6. 结果筛选

根据以下规则对结果进行筛选

  1. 根据关键词CIRCULAR筛选环状RNA

  2. 去除线粒体上的环状RNA

  3. 筛选unique junction reads数至少为2的环状RNA

  4. 去除断裂点不明确的环状RNA

  5. 过滤掉长度大于100kb的circRNA,这里的100kb为基因组长度，直接用环状RNA的头尾相减即可

代码如下

grep CIRCULAR splice_sites.bed | \
grep -v chrM | \        
awk '$5>=2' | \
grep UNAMBIGUOUS_BP | \
grep ANCHOR_UNIQUE | \
./maxlength.py 100000 \
> circ_candidates.bed

看完上述内容，你们对find_circ中如何识别环状RNA有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注创新互联行业资讯频道，感谢大家的支持。


网页标题：find_circ中如何识别环状RNA
文章出自：http://pwwzsj.com/article/iephjs.html

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