怎么使用Python遍历一个包含大量文件的文件夹
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在处理大模型的训练数据时,经常需要遍历大型文件夹,其中,可能包括数千万或数亿个文件,这时,一般的Python遍历函数就会非常慢,例如os.walk、glob、path.rglob等等,同时,无法预估整体的遍历时间。
本文,通过Python的os.scandir,基于广度优先搜索算法,实现可控、高效的遍历文件,同时,输出遍历日志,支持后缀筛选,去除隐藏文件,实现遍历包含大量文件的文件夹的功能。
os.scandir 是一个目录迭代函数,返回 os.DirEntry 对象的迭代器,对应于由 path 指定目录中的条目,这些条目以任意顺序生成,不包括特殊条目 ‘.’ 和 ‘…’。os.scandir 的运行效率要高于 os.walk,在 PEP 471 中,Python 官方也推荐使用 os.scandir 遍历目录 。
源码
def traverse_dir_files_for_large(root_dir, ext=""): """ 列出文件夹中的文件, 深度遍历 :param root_dir: 根目录 :param ext: 后缀名 :return: 文件路径列表 """ paths_list = [] dir_list = list() dir_list.append(root_dir) while len(dir_list) != 0: dir_path = dir_list.pop(0) dir_name = os.path.basename(dir_path) for i in tqdm(os.scandir(dir_path), f"[Info] dir {dir_name}"): path = i.path if path.startswith('.'): # 去除隐藏文件 continue if os.path.isdir(path): dir_list.append(path) else: if ext: # 根据后缀名搜索 if path.endswith(ext): paths_list.append(path) else: paths_list.append(path) return paths_list
输出日志:
[Info] 初始化路径开始!
[Info] 数据集路径: /alphafoldDB/pdb_from_uniprot
[Info] dir pdb_from_uniprot: 256it [00:10, 24.47it/s]
[Info] dir 00: 240753it [00:30, 7808.36it/s]
[Info] dir 01: 241432it [00:24, 9975.56it/s]
[Info] dir 02: 240466it [00:24, 9809.68it/s]
[Info] dir 03: 241236it [00:22, 10936.76it/s]
[Info] dir 04: 241278it [00:24, 10011.14it/s]
[Info] dir 05: 241348it [00:25, 9414.16it/s]
补充
除了上文的方式,小编还为大家整理了其他Python遍历文件夹的方法,需要的可以参考一下
方法一:通过os.walk()遍历,直接处理文件即可
def traverse_dir_files(root_dir, ext=None, is_sorted=True): """ 列出文件夹中的文件, 深度遍历 :param root_dir: 根目录 :param ext: 后缀名 :param is_sorted: 是否排序,耗时较长 :return: [文件路径列表, 文件名称列表] """ names_list = [] paths_list = [] for parent, _, fileNames in os.walk(root_dir): for name in fileNames: if name.startswith('.'): # 去除隐藏文件 continue if ext: # 根据后缀名搜索 if name.endswith(tuple(ext)): names_list.append(name) paths_list.append(os.path.join(parent, name)) else: names_list.append(name) paths_list.append(os.path.join(parent, name)) if not names_list: # 文件夹为空 return paths_list, names_list if is_sorted: paths_list, names_list = sort_two_list(paths_list, names_list) return paths_list, names_list
方法二:通过pathlib.Path().rglob()遍历,需要过滤出文件,速度较快。注意glob()不支持递归遍历
def traverse_dir_files(root_dir, ext=None, is_sorted=True): """ 列出文件夹中的文件, 深度遍历 :param root_dir: 根目录 :param ext: 后缀名 :param is_sorted: 是否排序,耗时较长 :return: [文件路径列表, 文件名称列表] """ names_list = [] paths_list = [] for path in list(pathlib.Path(root_dir).rglob("*")): path = str(path) name = path.split("/")[-1] if name.startswith('.') or "." not in name: # 去除隐藏文件 continue if ext: # 根据后缀名搜索 if name.endswith(ext): names_list.append(name) paths_list.append(path) else: names_list.append(name) paths_list.append(path) if not names_list: # 文件夹为空 return paths_list, names_list if is_sorted: paths_list, names_list = sort_two_list(paths_list, names_list) return paths_list, names_list
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新闻标题:怎么使用Python遍历一个包含大量文件的文件夹
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