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VISTA数据库有什么用

小编给大家分享一下VISTA数据库有什么用，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

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VISTA结合比较基因组学，chip_seq等数据分析手段和实验方法，来识别人和小鼠中的增强子，该数据库的网址如下

http://enhancer.lbl.gov/

在最初的研究中发现， 在人和小鼠等物种中，在物种间保守的序列中有一半的区域都包含增强子序列，所以通过比较基因组学的手段识别物种间保守的基因组序列，对于增强子分析有一定的参考意义；同时采用EP300蛋白的chip_seq结果，也可以识别到很多的增强子区域。

通过结合以上两种生物信息学分析手段，首先识别到候选的增强子序列，然后通过转基因小鼠试验，通过实验手段验证增强子的增强活性。

利用首页的检索功能，可以查看该数据库中的记录，示意如下

VISTA数据库有什么用

可以通过染色体区间进行检索，也可以通过基因名称等其他方式，检索结果示意如下

VISTA数据库有什么用

给出了增强子在数据库中的编号，在基因组上的位置，包含的基因等信息，右侧的小鼠图标表示增强子体外实验的信息，蓝色代表通过实验手段证实了该增强子的增强活性，而白色代表体外实验没有发现该增强子的增强活性，点击第一列的编号可以查看详细信息。

同时考虑到增强子的组织特异性，通过组织切片技术研究在不同组织中增强子的表达情况，提供了以下组织的相关信息

  1. Forebrain

  2. MidBrain

  3. Hindbrain

  4. Neural Tube

  5. Eye

  6. Ear

  7. Dorsal Root Ganglia

  8. Trigeminal

  9. Cranial Nerves

  10. Heart

  11. Tail

  12. Limb

  13. Nose

  14. Face

  15. Branchial Arch

通过Advance Search, 可以根据增强子在不同组织中的表达信息进行筛选，示意如下

VISTA数据库有什么用

通过VISTA数据库，可以方便的检索人和小鼠的增强子信息。

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