LncACTdb数据库有什么用
这篇文章主要为大家展示了“LncACTdb数据库有什么用”，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下“LncACTdb数据库有什么用”这篇文章吧。
公司主营业务：网站建设、成都网站制作、移动网站开发等业务。帮助企业客户真正实现互联网宣传，提高企业的竞争能力。成都创新互联公司是一支青春激扬、勤奋敬业、活力青春激扬、勤奋敬业、活力澎湃、和谐高效的团队。公司秉承以“开放、自由、严谨、自律”为核心的企业文化，感谢他们对我们的高要求，感谢他们从不同领域给我们带来的挑战，让我们激情的团队有机会用头脑与智慧不断的给客户带来惊喜。成都创新互联公司推出德阳免费做网站回馈大家。
ceRNA是近年来研究的非常火热的一种调控机制，指的是不同RNA分子竞争性的结合miRNA, 通过这种竞争关系来调控不同RNA的表达，这里的RNA分子可以是mRNA, lncRNA, 甚至是pseudogene。
LncATCdb数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据，并提供了功能富集分析，网络图可视化，生存分析等结果，网址如下
http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html
该数据库中的内容分成以下两个部分
predicted data
experimental data
软件预测和实验验证两类，软件预测指的是利用miRanda等软件预测lncRNA-miRNA的相互作用，然后去分析ceRNA;而实验验证主要是从文献中整理出来的ceRNA信息。
以软件预测的结果为例，检索结果示意如下
点击Detail可以查看详细信息，包含以下信息
1. 基本信息
构成该ceRNA调控网络的各种RNA分析的名字，相关的疾病等信息，示意如下
除此之外，还包含了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA相互作用的详细结果。lncRNA与miRNA的相互作用使用下图中的几个软件进行预测
mRNA-miRNA的相互作用从数据库中得到，示意如下
2. ceRNA网络可视化
结果示意如下，采用了圆环的布局来展示构成了ceRNA关系的lncRNA与mRNA, 由于二者共同结合的miRNA数量很多，所以在图中并没有展示miRNA。
3. 功能富集
对于与lncRNA构成ceRNA关系的蛋白编码基因，进行GO和KEGG富集分析，结果示意如下
4. 疾病标记物
5. 生存分析
对于ceRNA网络中的各种RNA分子，利用TCGA数据库中的数据，进行疾病的生存分析，结果示意如下
除此之外，该数据库还提供了一种在线工具lncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据，然后进行ceRNA分析。
该数据库中的信息是可以免费下载的， 提供了以下8种信息
实验证据支持的ceRNA文件内容示意如下
通过该数据库，可以得到已有的ceRNA关系，更方便的是，由于数据库中已经存储了lncRNA-miRNA, mRNA-miRNA之间的相互作用关系, 我们可以上传自己的表达谱数据，通过在线工具在识别新的ceRNA网络。
以上是“LncACTdb数据库有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道！
分享标题：LncACTdb数据库有什么用
当前链接：http://pwwzsj.com/article/jpdcjg.html
