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系统：Ubuntu 16.04

软件： python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
 
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件（其实是提取文件）
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
 
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file)  #调用上面的函数，获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息：（长，宽，维度-切片数量）
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
 
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序，保存为图像

不要忘记返回img_fdata，否则下一个文件会报错。

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网站名称：Ubuntu怎么将nii图像保存成png格式
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