如何使用TCGAbiolinks进行生存分析
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TCGAbiolinks不仅提供了数据的下载功能,还提供了各种各样的下游分析功能,生存分析是TCGA数据最经典的应用场景之一,通过TCGAbiolinks可以轻松实现生存分析。
在进行生存分析之前,首先要得到患者的临床数据。在之前的文章中介绍了通过GDC来下载临床数据的方法,在GDC中临床数据有两种形式
XML
每个样本的所有临床信息以XML的格式进行存储,该文件中包含的临床信息是最为全面的TSV/JSON
将需要下载的数据添加到GDCcart
之后,可以选择下载tsv
或者json
格式的临床信息,这种方式得到的信息只是XML中信息的一个子集,缺点就是不够完整,但是对于生存分析而言却是足够了,而且该文件中患者的生存信息比XML文件更新的快。
这两种临床信息的下载方式如下
1. TSV/JSON
结果示意如下
2. XML
结果示意如下
此外,还提供了从GDC Legacy Archive数据库下载临床信息的功能,用法如下
在进行生存分析时,更推荐使用TSV/JSON格式的生存信息,更新的更加及时,具体用法如下
结果如下所示
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