PlantCircNet数据库有什么用

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PlantCircNet数据库提供了植物相关的circRNA-miRNA-gene构成的ceRNA调控网络信息,网址如下

http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php

该数据库包含了以下8个物种的ceRNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Brachypodium distachyon

  3. Glycine max

  4. Hordeum vulgare

  5. Oryza sativa

  6. Solanum lycopersicum

  7. Triticum aestivum

  8. Zea mays

官网包含以下几种功能

1. search

提供了多种检索方式,基本检索功能支持输入环状RNA来源基因的名字和miRNA的名称,来查询对应的ceRNA网络,示意如下

PlantCircNet数据库有什么用
检索结果如下所示,不同形状的节点代表不同的RNA,具体的对应关系可以查看图例,点击RNA的节点可以查看该节点的详细信息

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2.Browse

通过选择物种,可以查看对应的环状RNA信息,点击Details可以查看详细信息,示意如下

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3. Blast

blast用于将输入的查询序列与数据库中的环状RNA序列进行比对,示意如下

PlantCircNet数据库有什么用

4. Download

提供了环状RNA对应的gtf文件和fasta序列文件,以及ceRNA列表供下载,示意如下

PlantCircNet数据库有什么用

该数据库是第一个植物方面的ceRNA调控网络数据库,研究植物的ceRNA可以参考该数据库。

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