TransmiR数据库有什么用
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mRNA可以翻译成各种功能的蛋白,其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热,即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程,是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合,发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。
对于生物体内的调控关系,研究的比较多的是TF-mRNA, miRNA-mRNA之间的调控。TF其实也是可以调控miRNA的转录过程的,而TransmiR就是一个从文献中整理得到的转录因子和miRNA之间调控关系的数据库,网址如下
http://www.cuilab.cn/transmir
在该数据库中,将支持Tf-miRNA的证据分成了以下3类
level1
level2
literature
各个层次证据的数据量统计如下
该数据库覆盖了多个物种中的TF-miRNA信息,各物种对应的数据量如下所示
通过官网的Search
功能,可以根据miRNA
或者TF
进行检索,示意如下
点击对应的TF
和miRNA
, 可以查看详细信息,miRNA示意如下
该数据库与HMDD是同一个团队开发的,所以在该数据中集成了miRNA相关的疾病信息。
通过Network
功能,可以查看TF-miRNA调控关系的网络图,如下所示
官网还提供了predict
功能,用于预测指定的TF和miRNA之间的调控关系,示意如下
根据TF对应的motif信息,查找潜在结合位点附近的miRNA。
该数据库的信息是可以免费下载的,通过该数据库,可以方便的研究TF-miRNA的调控关系。
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