linux操作命令举例分析

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 解压rar压缩文件
tar -xf GSE58831_RAW.tar
   批量解压gz压缩文件
for i in $(ls *.gz); do bgzip -d $i;done
   cut指定分隔符分割文件

有人提问批量更改fasta序列名称,他的fasta文件格式是

>seq1 | blabla
ATCG
>seq2 | bbbbb
ATCG
 

他想把序列名称竖线后面的内容都去掉,我自己想到的办法是python,识别大于号开头的行,然后用竖线分割字符串,在写到文件里就可以了,群里一位老师直接给出linux的cut命令

cat pra.fasta | cut -d "|" -f 1
 

简单明了

-d指定分隔符,-f指定输出分割后的第一列

 还遇到了一个问题是

在linux系统下,管理员安装好的R语言,一些包都放到了指定的位置。每次在我自己的账户下想要调用这些包改如何实现,查到了一种方式是使用.libPaths()

比如R语言启动以后先输入命令

.libPaths(c("/A/B/C"))

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