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怎么探索lncRNA表达量的组织特异性

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公共数据库GTEx，The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project，首次被提出来是2013年，上百位科学家联名在Nature Genetics杂志发表的文章首次介绍了“基因型-组织表达工程”，并成立了“基因型-组织表达研究联盟”（Genotype-Tissue Expression Consortium，GTEx）以下简称“GTEx”）。

因为GTEx数据库直接提供RNA-seq的counts矩阵文件下载，从表达矩阵里面可以根据基因名字区分出来：

  • 1368 个miRNAs,
  • 10167 个lncRNAs
  • 30441 个mRNAs

流程图如下：

怎么探索lncRNA表达量的组织特异性

这个研究的重点是Gini index used to measure tissue specificity，而不仅仅是某个组织的高表达量。 以前我们使用gtex数据库找组织特异性表达基因是直接看top表达量基因，在： https://gtexportal.org/home/topExpressedGenePage 可以搜索，比如我搜索大脑的最高表达量基因，发现它的确可以把大脑区域和身体其它区域很容易的分开。
 

列举这30个组织的特异性的表达，包括 miRNAs and lncRNAs以及protein coding RNA

 

其它物种

留给大家搜索了，理论上很多物种也是有各个器官的表达量信息，包括芯片的以及测序的，包括mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白。

而且，现在不是单细胞水平的研究很流行嘛，理论上这个组织特异性可以进一步细化到细胞类型的特异性。

癌症领域

既然GTEx数据库的30余种组织，可以有特异性的mRNA，lncRNA，miRNA，那么TCGA数据库的不同癌症，理论上也有癌症类型的特异性的mRNA，lncRNA，miRNA。

上述就是小编为大家分享的怎么探索lncRNA表达量的组织特异性了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注创新互联行业资讯频道。


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